I Tokyo, erkänd som Shinto Teito år 2020, är 19-åriga Minato Sahashi väldigt intelligent, men på grund av sin oförmåga att klara av press har han misslyckats i högskoleprovet två gånger.
Minato träffar en tjej som heter Musubi, som faktiskt faller i himlen en dag. Minato får snart reda på att hon är en "Sekirei" som valde honom som sin "Ashikabi", bland den kryptiska grupp individer som har den ärvda egenskapen som kan skapa en affär - genom att kyssa - med Sekirei. Detta gör det möjligt för dem att använda sin totala makt i borttagningskonflikter med andra Sekirei och binder Sekirei till honom. Sekirei-striden, som består av 108 bedårande tjejer, livliga kvinnor och bish?nen, i en tävling kallad "Sekirei-planen" bildad av Hiroto Minaka, ordföranden och grundaren av det mystiska och mäktiga MBI Corporation.
Minato får snart reda på att det inte bara är roligt att vara en kvinnas maka, särskilt när han väljs ut av flera andra Sekireier som var och en dessutom bildar ett avtal med honom, som deras Ashikabi. Nu borde Minato upptäcka en metod för att överleva de livshotande konflikterna i Sekirei-planen och hans följeslagares intensiva konkurrens om honom.
Sekirei är superkraftiga varelser som använder en annan kod precis som en persons. Rymdskeppet Sekirei kraschade på jorden 1999 på Kamikura Island och upptäcktes av två elever, Hiroto Minaka (potentiell MBI-ordförande) och Takami Sahashi (potentiell MBI-chefsforskare och Minatos mamma). Ombord hade paret upptäckt 108 livsformer, förklarade som "En pelare och 107 fågelungar".
