Sammanfattning
År har gått efter Yugis äventyr och nu är det Yuki Judais tur. Yuki Judai är en ny elev i skolans Duel Academy, en skola som är dedikerad till att lära ut duellist grunderna och avancerade tekniker. Judai är fast besluten att vara världens #1 duellist, och accepterar utmaningar från sina rivaler (och vänner). Även om mangan är baserad på anime, är historien verkligen annorlunda och orelaterade.