År 2065 är jorden i centrum av ett krig med extradimensionella utomjordingar som kallas Nova. De väpnade styrkorna utvecklar och tränar Pandoras, döttrar som kan använda sig av speciell genetisk vävnad som kallas Stigmata (Seikon) för att visa övermänskliga stridsvapensystem och färdigheter. Stöd till Pandoras är manliga partners som kallas Limiters, som använder speciella "frysande" krafter för att begränsa sina konkurrenters frihet.
Någon av dessa limiters är Kazuya Aoi, vars sena syster var en Pandora. Kazuya möter en stark Pandora, Satellizer el Bridget, med smeknamnet The Untouchable Queen, på hennes känslomässiga stil och hennes extrema afefobi när hon går på West Genetics Academy i Japan. Trots varningar från hans skolkamrater att undvika Satellizer, blir hon vän med Kazuya och ber om att få vara hennes Limiter. Satellizer samtycker till att umgås med honom, även om hon snart råkar ut för en tävling i kärleksaffär som heter Rana Linchen, som tror att Kazuya är hennes själsfrände efter att ha stöttat henne genom flera slagsmål mot college-motståndare till att byta positioner och kurser. När Novas angriper sin högskola med Pandoras under deras kontroll för att få tillgång till institutionens underjordiska laboratorium, slås deras konkurrens bort.
Satellizer och Kazuya går med några av West Genetics-elever till ett laboratorium i Alaska, där de kan hjälpa till tillsammans med Evolution Pandora (E Pandora)-uppgiften, vilket gör att normala kvinnor kan få Stigmata-transplantationer för att bli Pandoras. När en av E Pandoras går berserk, frågar de andra om medicinerna i experimentet inte är farliga, utan är gjorda för att lyda såväl affärsorganisationens som chefens önskemål. När E-Pandora Amelia Evans upptäcker att de ska användas tills de har blivit förbrukningsbara, styr en revolt som eskalerar till en full på Nova Clash.
Kazuya lär sig mer om kopplingarna mellan sin familj och Nova såväl som Pandora. Kazuyas farfar Gengo Aoi hittade samma jobb, vilket sätter Rana och Satellizer in i ett unikt team med kvinnor som heter Valkyries. Ändå, under hela demonstrationsaktiviteten med specialdesignade Nova som är dummy, upplevs vanföreställningar av Pandoras, liksom att dummy Novas blir en legion av 100-tals Nova som decimerar Genetik. Gengo motverkar detta genom att släppa loss de legendariska Pandoras som är fastrar till Kazuya. Chevaliers försök att mörda Gengo med flera fångar som kallas Busters, när några av de legendariska Pandoras förändras till dödliga Novas, men uppdraget faller isär.
