På den avskilda ön Rokkenjima blev Battler Ushiromiya och hans familj fångade och mördade under ovanliga omständigheter som tillskrivs Beatrice, den gyllene häxan.
Efter att ständigt utmana existensen av magi och kraftfulla häxor, har Battler blivit spelmästare på brädet som involverar de mystiska händelserna som inträffade. För att bevisa sin förståelse av mysteriet måste han besegra Erika Furudo, detektiven och pjäsen för häxan Bernkastel. Samtidigt kämpar en barnslig Beatrice, återfödd genom Battlers ansträngningar, för att återfå sin tidigare personlighet för Battlers skull.
När det nya spelet börjar, kommer händelserna som utvecklas till existens av två objektiva observatörer: the Witch of the Theatre, Featherine Augustus Aurora, och hennes utvalda läsare, Ange Ushiromiya, Battlers syster som hon är 1998.
På Rokkenjima 1986 blir kärleken viktig för att förstå sanningen bakom händelserna, särskilt när det gäller George och Jessica Ushiromiya, och tjänarna Shannon och Kanon.
